1 set. 2013

5 gen. 2014

A.C.R. Messina

Ischia Isolaverde

0-0

1-1

8 set. 2013

12 gen. 2014

Tuttocuoio

A.C.R. Messina

1-1

0-1

15 set. 2013

19 gen. 2014

A.C.R. Messina

Arzanese

1-0

0-1

22 set. 2013

26 gen. 2014

Castel Rigone

A.C.R. Messina

2-0

0-2

29 set. 2013

2 feb. 2014

A.C.R. Messina

Aprilia

2-2

0-0

6 ott. 2013

9 feb. 2014

Aversa Normanna

A.C.R. Messina

1-0

0-4

13 ott. 2013

16 feb. 2014

A.C.R. Messina

Foggia

0-3

2-1

20 ott. 2013

23 feb. 2014

A.C.R. Messina

Poggibonsi

1-1

2-1

27 ott. 2013

1 mar. 2014

Chieti

A.C.R. Messina

1-1

0-2

3 nov. 2013

7 mar. 2014

A.C.R. Messina

Cosenza

0-0

0-0

10 nov. 2013

16 mar. 2014

Gavorrano

A.C.R. Messina

0-1

2-4

17 nov. 2013

23 mar. 2014

A.C.R. Messina

Melfi

2-2

0-1

24 nov. 2013

30 mar. 2014

Casertana

A.C.R. Messina

1-1

1-2

1 dic. 2013

6 apr. 2014

A.C.R. Messina

Vigor Lamezia

1-4

2-1

8 dic. 2013

13 apr. 2014

Sorrento

A.C.R. Messina

1-3

0-1

15 dic. 2013

27 apr. 2014

A.C.R. Messina

Teramo

1-1

1-0

22 dic. 2013

4 mag. 2014

Martina Franca

A.C.R. Messina

2-1

2-3

A.C.R. MESSINA

57

34

15

12

7

9

6

2

6

6

5

43

33

CASERTANA

57

34

15

12

7

9

6

2

6

6

5

38

28

TERAMO

55

34

15

10

9

9

3

5

6

7

4

48

34

COSENZA

55

34

15

10

9

8

8

1

7

2

8

38

29

MELFI

51

34

12

15

7

6

7

4

6

8

3

39

31

FOGGIA

51

34

13

12

9

9

5

3

4

7

6

50

40

ISCHIA ISOLAVERDE

48

34

11

15

8

6

7

4

5

8

4

33

29

VIGOR LAMEZIA

46

34

12

10

12

5

6

6

7

4

6

37

39

SORRENTO

45

34

13

6

15

7

1

9

6

5

6

40

36

TUTTOCUOIO

44

34

11

11

12

8

5

4

3

6

8

41

38

AVERSA NORMANNA

43

34

11

10

13

6

6

5

5

4

8

36

40

ARZANESE

43

34

10

13

11

7

5

5

3

8

6

41

46

MARTINA FRANCA

42

34

10

12

12

7

6

4

3

6

8

36

36

APRILIA

41

34

10

11

13

9

6

2

1

5

11

41

50

CHIETI (-1)

40

34

10

11

13

4

9

4

6

2

9

34

35

POGGIBONSI

36

34

8

12

14

6

6

5

2

6

9

31

41

CASTEL RIGONE

34

34

10

4

20

7

2

8

3

2

12

39

56

GAVORRANO

30

34

6

12

16

5

5

7

1

7

9

24

48

Ammessi in Lega Pro: Messina, Casertana, Teramo, Cosenza, Melfi, Foggia, Ischia Isolaverde, Vigor Lamezia e dopo i play-off Tuttocuoio.
Retrocesse in Serie D: Gavorrano, Castel Rigone, Poggibonsi, Chieti, Aprilia e dopo i play-out  Sorrento e Arzanese.

Nel girone d'andata della stagione 2013-2014 in Lega Pro Seconda Divisione il Messina si trova presto nelle ultime posizioni, viene esonerato il tecnico Gaetano Catalano nei primi giorni di dicembre del 2013 (dopo una sconfitta per 1-4 contro la Vigor Lamezia al San Filippo) sostituito da Gianluca Grassadonia, che inizia una portentosa scalata della classifica fino a raggiungere il primo posto del girone e conquistando la promozione in terza serie che avverrà il 13 aprile 2014, sancita dalla vittoria in casa contro il Sorrento per 1-0. Per la società messinese è la seconda promozione consecutiva.