Il torneo 1942-1943 era stato portato a termine nonostante incombesse la guerra che ha condizionato lo svolgimento regolare di alcune partite. Proprio il 24 Gennaio 1943, data in cui si svolse la partita Passamonte - Catania 1-3, la città di Messina fu devastata dai bombardamenti alleati e ridotta in macerie.
La furia della guerra e l'invasione della Sicilia da parte dell'esercito americano cancellano il calcio a Messina e in quasi tutte le realtà calcistiche siciliane.
Tra il 1943 e il 1945 il calcio a Messina si svolge solo a livello amatoriale e locale con diverse squadre come S.S. Lega Arsenale e U.S. Peloro oltre naturalmente la Passamonte.
Terminate le operazioni belliche in Sicilia la passione calcistica a Messina sembrò rifiorire. Nel 1945 la Passamonte si fuse con la S.S. Lega Arsenale (nata nel 1944) e con l'U.S. Peloro, dando vita all'Associazione Sportiva Messina.
L'Associazione Sportiva Messina presieduta da Vincenzo Nicotra, venne ammessa in Serie C 1945-1946 in virtù del titolo sportivo della Passamonte.